创圣纪元0011年的地球。因11年前的大异变，南极冰层溶解，本应于一万两千年前灭亡的亚特兰蒂亚出现，“堕天翅族”苏醒了。他们为了摄取生命能量“普拉纳”接连捕获人类。另一方面，大异变后设立的地球再生机构DEAVA，将被称为“元素人”的少年少女们从各地召集而来，作为曾将堕天翅族逼至灭亡的传说兵器“机械天使Aquarion”的搭乘者接受特训。因元素人之一丽娜的预言，皮埃尔和西尔维娅为寻找本应成为救世主的“太阳之翼”前往冰之城。然而，作为目标的少年阿波罗，却是靠偷来的食物维生的、野兽般的街头儿童。
创圣纪元0011年的地球。因11年前的大异变，南极冰层溶解，本应于一万两千年前灭亡的亚特兰蒂亚出现，“堕天翅族”苏醒了。他们为了摄取生命能量“普拉纳”接连捕获人类。另一方面，大异变后设立的地球再生机构DEAVA，将被称为“元素人”的少年少女们从各地召集而来，作为曾将堕天翅族逼至灭亡的传说兵器“机械天使Aquarion”的搭乘者接受特训。因元素人之一丽娜的预言，皮埃尔和西尔维娅为寻找本应成为救世主的“太阳之翼”前往冰之城。然而，作为目标的少年阿波罗，却是靠偷来的食物维生的、野兽般的街头儿童。