吴大师被电子黑暗之主改造成半人半机器，现在的吴大师已经不认得幻影忍者们了。新幻影忍者城的电力已经中断很久，城市里的人们开始拉帮结派，反对外来者。幻影忍者们回到新幻影忍者城，他们一进城就遭到了人们的围堵，幸好博格出来解围。现在硬盘与黑暗之主的电子形态被偷，只有先找到硬盘才能用智能武器去抹掉电子形态的黑暗之主。
吴大师被电子黑暗之主改造成半人半机器，现在的吴大师已经不认得幻影忍者们了。新幻影忍者城的电力已经中断很久，城市里的人们开始拉帮结派，反对外来者。幻影忍者们回到新幻影忍者城，他们一进城就遭到了人们的围堵，幸好博格出来解围。现在硬盘与黑暗之主的电子形态被偷，只有先找到硬盘才能用智能武器去抹掉电子形态的黑暗之主。